Pro jedinečnou krásu svého historického jádra byla Třeboň v roce 1976 prohlášena městskou památkovou rezervací. Masarykovo náměstí obklopené měšťanskými domy s renesančními a barokními štíty je přirozeným centrem celé městské památkové rezervace. Obě strany náměstí mají stejný počet domů - 13. Dva domy na náměstí (čp. 86 a 89) mají ještě gotický základ, ostatní středověké domy byly zničeny při požáru města 1562. Nově byly vystavěny v renesančním slohu. Většina domů ještě pozměnila svou podobu po požárech roku 1723 a 1781.

Nejvýznamnějším objektem na náměstí je stará radnice z roku 1566. Roku 1638 k ní byla přistavěna masivní čtyřboká věž, vysoká 31 metrů. Z jejího ochozu ve čtvrtém patře je krásný výhled do okolí. Spolu s kostelní věží tvoří dominanty města.

Na horní straně náměstí, vlevo od brány do zámku, je tzv. Ruthardovský dům, původní městská radnice. V jeho přízemí býval městský pivovar. Po vybudování nové radnice byl Ruthardovský dům připojen k zámku. Blízké domy čp. 106 a 107 fungují jako hotel Zlatá hvězda. Vedle hotelu stojí dům čp. 105, v němž dnes sídlí multifunkční kulturní prostor galerie, biografu a divadla v jednom - Třeboň 105.

Z domů na opačné straně náměstí vyniká hotel Bílý koníček, který je současně jedním z prvních dokladů renesančního slohu ve městě. Jeho existence je doložena již v roce 1544.

Velmi zajímavý je dům čp. 89 se zachovanými gotickými prvky a renesančními klenbami v přízemí, zvaný Dům Štěpánka Netolického po svém někdejším majiteli. Ze všech domů na náměstí je tento dům nejméně dotčen přestavbami po požáru v r. 1562. V současnosti je zde Centrum třeboňského rybníkářského dědictví s galerií, které bylo otevřeno v lednu 2016.

Východní stranu náměstí uzavírá Hradecká brána, jejíž jádro pochází z let 1525 - 1527, kdy se brána stala součástí zdokonaleného městského opevnění.

Uprostřed náměstí stojí renesanční desetiboká kamenná kašna, dílo kameníka Jordana z roku 1569.

Vedle kašny stojí barokní Mariánský sloup z r. 1780. Je dílem českobudějovického kameníka Leopolda Hubera. Na štíhlém jehlanu stojí socha Panny Marie, na podstavci je doplněna sochami sv. Josefa, sv. Vojtěcha a sv. Alžběty. Některé prvky sousoší patří již ke klasicismu.

Na náměstí ústí Husova ulice, jedna ze dvou okružních ulic, které se napojovaly na hlavní komunikaci a usnadňovaly přístup k zadním traktům úzkých parcel na náměstí. Rozšíření Husovy ulice u kostela sv. Jiljí je pozůstatkem hřbitova, zrušeného za vlády Josefa II. a přeneseného ke kostelu sv. Alžběty na okraji města. Do Husovy ulice ústí Březanova ulice, která si dosud zachovala svůj historický ráz.

V této ulici vyniká renesanční dům čp. 118 se sgrafitovou fasádou z roku 1606. Tento dům dal vystavět Petr Vok z Rožmberka pro uložení rodinné knihovny, obrazárny a archivu. V přízemí bydlel rožmberský archivář a historik Václav Březan. Dnes se zde nachází Zámecká lékárna Třeboň, kulturní prostor s dobovými prohlídkami a řadou zajímavých akcí. V Březanově ulici vyniká i barokní dům čp. 8. Na jeho štítu můžeme vidět fresku svaté Trojice.

Východní zámeckou bránou lze projít do krátké Krčínovy ulice, která ústí do Žižkova náměstí, jehož jižní stranu uzavírá Svinenská brána s obloučkovými štíty a sgrafitovou výzdobou. Komunikace procházející branou ven z města ústí do druhé - Novohradské brány, vybudované v 1. polovině 16. století. Přístup k ní je z obou stran omezen hradební zdí.

Na západním okraji historického centra se nachází Budějovická brána z roku 1611.

Na jižní straně centra města se nachází areál třeboňského pivovaru s budovami především z 2. poloviny 19. století. Pivo Regent se vaří tradiční technologií, k výrobě se používají výhradně přírodní suroviny. Na stejné straně jádra města se dochovala do dnešní doby část městských hradeb i s několika opěrnými baštami. Dobře jsou vidět z hráze rybníka Svět.