Ves Krabonoš je připomínána roku 1179 listinou římského císaře Bedřicha. První záznam o Nové Vsi je zápis ve vitorazském urbáři z roku 1499. Existenci Krabonoše potvrzuje urbář hrabství Litschau roku 1369. Okolo roku 

1400 zde již stál původně gotický farní kostel sv. Jana Křtitele. V roce 1784 byla Nová Ves připojena k farnosti Krabonoš. K ČR byly obě sousední obce připojeny až v roce 1920.

Katoličtí kněží se na Krabonoši trvale usídlili v roce 1717 a sídlili zde nepřetržitě do roku 1945, kdy byl německý kněz vyhnán a v blízkosti kostela byl vybudován útvar pohraničníků. Z předválečných 800 obyvatel Krabonoše zůstalo v roce 1945 v obci pouze 7 rodin, později byla část obce mezi československo-rakouskou státní hranicí a kostelem srovnána se zemí. Nová Ves byla po odsunu německého obyvatelstva částečně dosídlena.

Nachází se zde dvě přírodní rezervace – Horní Lužnice a Krabonošská niva (přirozeně meandrující tok řeky Lužnice se slepými rameny a tůněmi). Okolní krajina je pozoruhodná bohatostí rostlinstva. K nejcennějším biotopům ojedinělým i v Evropě patří rozsáhlá rašeliniště a cennými prvky jsou i rozsáhlé rybniční soustavy.

Roku 1981 byla samostatnost obce zrušena a obec byla připojena k Českým Velenicím. V roce 1990 po obecním referendu a souhlasu zastupitelstva města Č. Velenice se obec opět osamostatnila.