Původ nedosahuje zřejmě dále než do 18. století, kdy můžeme najít první historicky doložené zprávy o existenci této sídelní aglomerace. První usedlosti patrně vznikaly vzhledem k její formaci při cestě vedoucí z prostoru Krabonoše ve směru na Hranice - Trpnouze a dále na Nové Hrady, případně na Suchdol.

Patrně nejstarší pojmenování obce bylo Beinhofen, odvozené pravděpodobně od názvu Beinhofen - Včelí dvory, připomínající zřejmě zvýšený zájem tehdejších osadníků o pěstování včel. Názvy Německé a Dvory n. Lužnicí spadají až do doby po roce 1920, kdy podle mírové smlouvy, uzavřené v St. Germainu 10. září 1919, připadla severní část Vitorazska s obcemi patřícími dříve k Dolním Rakousům, k našemu československému státu a okresu třeboňskému.

Existence obce je historicky doložena v 2. polovině 18. století, kdy došlo k založení zdejší farnosti s kostelem a k založení školy. Roku 1783 byla zde zřízená farní duchovní správa ( Plebania 1783, Eccl. par. Assumptionic BMV - kostel Nanebevzetí Panny Marie, Matric. insp. a. 1783 - matriky vedeny od r. 1783). Současně se zřízením farnosti byl zde zřejmě stavěn i kostel, což dosvědčuje i předešlý záznam. Tato farnost tvořila s přifařenými obcemi Witzkoberg - Halámky, Tannenbruck - Trpnouze a Erdweiser Waldhauser - lesní domky v Nové Vsi filiálku, spravovanou částečně z Gmundu a částečně z Krabonoše. Celé církevní území patřilo pod biskupství St. Polten - Svatý Hipolyt.

Další nejstarší zprávy o kostele jsou z r. 1854, kdy byl renovován hlavní oltář, kazatelna a vstupní vchod, r. 1878 pořízen nový obraz a opraveny varhany. Ze stejné doby, kdy byla založena farnost, se zachovala správa o založení školy pro zdejší obec. Stalo se tak v r. 1780 a to pro Dvory, Halámky, lesní domky v Nové vsi a Trpnouze.

V roce 1947 byla založena obecní knihovna, o rok později byla zrušena místní měšťanská škola od pátého do devátého ročníku pro malý počet žáků.Od této doby žáci dojížděli do školy v Českých Velenicích. 22. 2. 1948 došlo ke změně názvu obce z „Německé“ na Dvory nad Lužnicí a nadále obec zůstává v okresu Třeboň. V roce 1950 byl ve školní budově zřízen zemědělský útulek pro děti od dvou do šesti let. V témže roce byla provedena reorganizace hasičského sboru. Bylo ustanoveno devítičlenné družstvo požárníků. Fungovaly zde i jiné spolky (včelaři, zahrádkáři, myslivci, divadelníci). V místním kině byly promítány celovečerní zábavné a kulturní filmy. V říjnu roku 1957 bylo započato s pracemi na elektrifikaci. Poštovní úřad a nově zřízené zdravotní středisko začali působit v roce 1959. Sčítání lidu v roce 1961 zaregistrovalo 111 čísel popisných a 429 obyvatel.

Při územní reorganizaci krajů a okresů, kdy došlo ke zřizování větších samosprávných celků, byly Dvory připojeny k okresu Jindřichův Hradec. Tento nový okres sdružoval bývalé okresy - Třeboň, Jindřichův Hradec a Dačice. Krajským městem zůstaly České Budějovice a kraj byl nazván Jihočeským. Zařízení pro místní rozhlas a založení dálkového telefonního kabelu bylo dokončeno v roce 1967. Se stavbou kulturního domu bylo započato 10. 5. 1974. Stavba byla dokončena za 14 měsíců. Od roku 1974 dojíždějí žáci od prvého do pátého ročníku do ZŠ v Rapšachu. Pro malý počet dětí se ruší také mateřská škola. Postupně docházelo k výstavbě osmi bytových jednotek (statkových a lesáckých). Ke zrušení MNV došlo roku 1980, obec byla začleněna do střediskové obce Suchdol nad Lužnicí. Politickoorganizační činnost zabezpečoval občanský výbor. V roce 1990 se obec Dvory nad Lužnicí osamostatnila.