V písemných pramenech je vesnice Dynín poprvé uváděna již v r. 1341. Petr z Rožmberka tehdy odkázal části vsi dominikánskému konventu v Sezimově Ústí.Dynín tvořil spolu s Bošilcem a Ponědraží základ první državy pánů z Rožmberka v této části jižních Čech, ze které po přikoupení okolních vsí vzniklo malé panství se střediskem v Dolním Bukovsku.  Za třicetileté války byl Dynín zcela zpustošen a vypálen. Až po roce 1660, kdy třeboňské panství, a tedy i Dynín, získali Schwarzenberkové, přicházejí noví hospodáři na dynínské pozemky. Po r. 1850 se Dynín stal součástí tehdy nově vytvořeného lomnického okresu. V obci proběhly první volby do obecního zastupitelstva z nichž vzešel první starosta. V r. 1923 byl Dynín úředně přejmenován.

 Z dřívějšího názvu Dinín vznikla dodnes používaná podoba Dynín. Největší stavební událostí v obci za první republiky byla stavba školní budovy. V Dyníně vzniklo JZD v r. 1952 a postupně se sloučilo s JZD ve Lhotě, Bošilci a Neplachově. Činnost družstva změnila nejen vzhled krajiny, ale i obce. Vznikají zde nové hospodářské stavby, jako kravín, sušička obilí, drůbežárna a administrativní budova. Dynínský zemědělský areál se po dokončení v 70.letech stal jedním z nejrozsáhlejších na Českobudějovicku. V Dyníně sídlí obecní úřad a do katastru náleží ještě sídelní jednotky Hradina a Lhota.

Lhota

Nejstarší písemné památky pocházejí ze 14.stol. Zajímavostí této obce je, že se při rozšiřování Záblatského rybníka v letech 1580-82 ocitla celá ves, včetně hospodářských gruntů, tehdy pod názvem Německá Lhota, pod vodou. V písemnostech se dále uvádí název Dvůr Lhota, nalézající se nad rybníkem záblatským. Později se v pramenech dočteme už jen o obci Lhota. V současné době je Lhota na katastru obce Dynín.
 

Památková zóna

19.11.1990 byla obec Dynín vyhlášena obcí s chráněnou památkovou zónou. V Dyníně se nachází památkové objekty, z nichž některé jsou zapsané ve státním seznamu nemovitých kulturních památek:
- Zemědělská usedlost čp.25 - zapsaná nemovitá kulturní památka - obytná část, sýpka, brána a branka , stáje, stodola.

V katastrálním území Lhota u Dynína se nachází přírodní památka Hliníř, kde jsou na ploše 4,6ha chráněna cenná společenstva přechodového rašeliniště s řadou ohrožených druhů rostlin i živočichů, zejména bezobratlých.
Dalším chráněným územím v tomto katastru je přírodní památka Lhota u Dynína s rozlohou 7,25ha. Tady jsou objektem ochrany krajinářsky a botanicky cenné rašelinné louky s výskytem vzácných a ohrožených druhů rostlin. Uvedená chráněná území spadají pod Správu chráněné krajinné oblasti Třeboňsko.